<div dir="ltr"><div>I guess this is the same problem I have when building DOLFIN in pbuilder, which I solve by adding "export OMPI_MCA_plm_rsh_agent=/bin/false" in debian/rules.<br><br></div><div>Johannes</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Fri, Oct 9, 2015 at 5:24 AM Drew Parsons <<a href="mailto:dparsons@debian.org">dparsons@debian.org</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">The new packages for PETSc 3.6.2 are all but ready, <br>
<a href="http://anonscm.debian.org/cgit/debian-science/packages/petsc.git/" rel="noreferrer" target="_blank">http://anonscm.debian.org/cgit/debian-science/packages/petsc.git/</a>.<br>
<br>
The build provides some simple testing.  The tests look successful when<br>
building at the command line.  But for building packages I prefer to<br>
use sbuild.<br>
<br>
In the sbuild environment the tests fail.  I gather it means that MPI<br>
(openMPI) cannot run in sbuild, or that I need to change something to<br>
let it run.<br>
<br>
Does anyone have experience running mpi tests in sbuild?<br>
<br>
Drew.<br>
<br>
p.s. an example of the test failure is:<br>
<br>
mpicxx -o ex19.o -c -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security   -fPIC  -D_FORTIFY_SOURCE=2  -I/<<PKGBUILDDIR>>/include -I/<<PKGBUILDDIR>>/x86_64-linux-gnu-debug/include -I/usr/include/suitesparse -I/usr/include -I/usr/include/superlu -I/usr/include/scotch -I/usr/lib/openmpi/include -I/usr/lib/openmpi/include/openmpi  -D_FORTIFY_SOURCE=2  `pwd`/ex19.c<br>
mpicxx -Wl,-z,relro -Wl,--no-as-needed -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security   -o ex19  ex19.o -L/<<PKGBUILDDIR>>/x86_64-linux-gnu-debug/lib -L/<<PKGBUILDDIR>>/x86_64-linux-gnu-debug/lib  -lpetsc_real -ldmumps -lzmumps -lsmumps -lcmumps -lmumps_common -lpord -lumfpack -lamd -lcholmod -lklu -L/usr/lib -lHYPRE_utilities -lHYPRE_struct_mv -lHYPRE_struct_ls -lHYPRE_sstruct_mv -lHYPRE_sstruct_ls -lHYPRE_IJ_mv -lHYPRE_parcsr_ls -lsuperlu -lscalapack-openmpi -llapack -lblas -lssl -lcrypto -lptesmumps -lptscotch -lptscotcherr -lfftw3 -lfftw3_mpi -lm -L/usr/lib/openmpi/lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/x86_64-linux-gnu -lmpi_f90 -lmpi_f77 -lgfortran -lm -lgfortran -lm -lquadmath -lm -lmpi_cxx -lstdc++ -L/usr/lib/openmpi/lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -ldl -lmpi -lhwloc -lgcc_s -lpthread -ldl<br>
/bin/rm -f ex19.o<br>
Possible error running C/C++ src/snes/examples/tutorials/ex19 with 1 MPI process<br>
See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a><br>
[schumann:13424] [[INVALID],INVALID] ORTE_ERROR_LOG: Not found in file ess_hnp_module.c at line 170<br>
--------------------------------------------------------------------------<br>
It looks like orte_init failed for some reason; your parallel process is<br>
likely to abort.  There are many reasons that a parallel process can<br>
fail during orte_init; some of which are due to configuration or<br>
environment problems.  This failure appears to be an internal failure;<br>
here's some additional information (which may only be relevant to an<br>
Open MPI developer):<br>
<br>
  orte_plm_base_select failed<br>
  --> Returned value Not found (-13) instead of ORTE_SUCCESS<br>
--------------------------------------------------------------------------<br>
[schumann:13424] [[INVALID],INVALID] ORTE_ERROR_LOG: Not found in file runtime/orte_init.c at line 128<br>
--------------------------------------------------------------------------<br>
It looks like orte_init failed for some reason; your parallel process is<br>
likely to abort.  There are many reasons that a parallel process can<br>
fail during orte_init; some of which are due to configuration or<br>
environment problems.  This failure appears to be an internal failure;<br>
here's some additional information (which may only be relevant to an<br>
Open MPI developer):<br>
<br>
  orte_ess_set_name failed<br>
  --> Returned value Not found (-13) instead of ORTE_SUCCESS<br>
<br>
</blockquote></div>